El Colegio Juan Bautista Migani data del año 1952, con la transferencia de la misión evangelizadora de los Misioneros Capuchinos a los sacerdotes de la Consolata. El 11 de febrero de 1952, fue nombrado obispo titular Monseñor Antonio María Torasso y los sacerdotes Juan Viessi y Juan Bautista Migani fueron los encargados de hacer el empalme y preparar el traspaso entre las dos comunidades religiosas. En el año 1957 ante la solicitud de varias familias, Monseñor Antonio María Torasso y el padre José Ravera, decidieron fundar un colegio parroquial al que dieron el nombre del padre Juan Bautista Migani, quien siendo párroco de la catedral Nuestra Señora de Lourdes, logró desarrollar una importante gestión a favor de la educación en el departamento del Caquetá.

Por tradición histórica, la Institución ha sido de carácter masculino, pero a partir del año 2004, se dio apertura a la población femenina y en el año 2008 se graduó la primera promoción mixta. En la actualidad atiende una población de cerca de 1.300 estudiantes, distribuidos en dos jornadas mañana y tarde dando cobertura a los grados preescolar hasta grado 11º, con un promedio de 18 grupos por jornada.


La institución Educativa Juan Bautista Migani es un centro de formación de carácter oficial que ofrece los niveles de Preescolar, Básica Primaria, Básica Secundaria y Media Académica, comprometida con una educación de calidad, sustentada en la formación integral  de personas  responsables, honestas , respetuosas y solidarias,  capaces   de aportar a la transformación de la familia y la comunidad, a través de la apropiación, aplicación y contextualización del conocimiento científico, cultural y tecnológico que les permita continuar su formación superior o la formación para el trabajo y el desempeño laboral.

Para el año 2025, seremos una Institución Educativa consolidada en el ámbito académico y cultural, con procesos formativos de calidad orientados desde el mejoramiento continuo para la formación de niños, niñas adolescentes y jóvenes competentes, honestos, respetuosos y solidarios, con liderazgo, capacidad de compromiso y sentido de pertenencia familiar, institucional y social.